● 靈活的空間轉錄組裝置
精確和可控的MERFISH/seqFISH實(shí)驗的完整實(shí)驗裝置
● 自動(dòng)化注液
能同時(shí)控制超過(guò)23個(gè)溶液的流量
● 與顯微鏡同步
通過(guò)TTL觸發(fā)器和SDK開(kāi)發(fā)包實(shí)現微流體的同步灌注和成像功能
● 高度可重復性
穩定和自動(dòng)化的流體系統，實(shí)現更好的重復性。
● 節省時(shí)間和試劑
使用更少的昂貴試劑，更快的實(shí)驗。
用于空間轉錄組學(xué)的SEQFISH包
該應用包包含ESI操作軟件和OB1壓力真空控制器、微流體分配閥MUX Distribution12等，可以幫助您快速進(jìn)行MERFISH/seqFISH/seqFISH+實(shí)驗，通過(guò)ESI操作軟件實(shí)現整個(gè)實(shí)驗系統的軟件控制和自動(dòng)化運行。
該應用包的主要優(yōu)勢：
● 超精確的小體積液體分配的流量控制
● 精確自動(dòng)分配高達數十種染料
● 與其他設備同步如熒光顯微鏡
● 同時(shí)對不同樣品進(jìn)行成像
● 提高實(shí)驗的再現性
● 不同種溶液的快速簡(jiǎn)單的順序注入系統
● 使用靈活的操作軟件實(shí)現測序和自動(dòng)化實(shí)驗
● 通過(guò)并行使用多個(gè)芯片或具有多個(gè)通道的微流控芯片來(lái)擴展分析
● Sequence序列器可實(shí)現各個(gè)系統平臺的溶液的自動(dòng)化運行
該應用包的主要特點(diǎn)是：
● 降低成本
● 實(shí)用，簡(jiǎn)單方便。
● 靈活多樣
● 適應于每個(gè)SeqFISH實(shí)驗所需要的液體試劑的數量
● 允許在微流體尺度上進(jìn)行多重熒光原位雜交實(shí)驗，通過(guò)減少所需試劑的體積，大大降低每次實(shí)驗的成本。
Elveflow微流體實(shí)驗系統平臺適合長(cháng)時(shí)間的實(shí)驗，具有出色的穩定性，沒(méi)有潛在的有害的壓力峰值風(fēng)險。此外，空間轉錄組學(xué)的SEQFISH包內的每個(gè)組件都是可調配的，以滿(mǎn)足您的實(shí)驗室基礎建設需求和實(shí)驗步驟需求。
為什么使用微流控進(jìn)行熒光原位雜交實(shí)驗？
使用微流體技術(shù)是進(jìn)行MERFISH（多重誤差-穩健熒光原位雜化）或seqFISH（次序熒光原位雜化）并觀(guān)察多個(gè)基因及其空間構型的有效方法，因為：
● 允許使用大量的昂貴染料和緩沖液進(jìn)行實(shí)驗
● 與生物學(xué)應用和顯微鏡觀(guān)察完全兼容
● 可實(shí)現一個(gè)自動(dòng)化序列，將溶液注入細胞，創(chuàng )建一個(gè)特定的實(shí)驗裝置；
● Elveflow集成微流體平臺系統，使實(shí)驗系統更加緊湊和易于使用；
● 可以將多個(gè)不同的芯片連接到系統平臺，方便并行觀(guān)察不同的樣品；
在此熒光原位雜化系統裝置之前，該應用包可以與其他微流體步驟相結合，例如單細胞隔離的單細胞包封[1]。
微流體也可以被應用于稱(chēng)為MA-FISH的方法，該方法使用稀釋探針溶液的震蕩流或執行條形碼（DBiT - seq）。
泰初科技擁有微流體流動(dòng)控制領(lǐng)域超過(guò)6年的應用經(jīng)驗，可以提供先進(jìn)的流體控制、軟件開(kāi)發(fā)和生物學(xué)領(lǐng)域的專(zhuān)業(yè)知識，是值得信賴(lài)的合作伙伴。
[1] Mayr U., Serra D., Liberali P. Exploring single cells in space and time during tissue development, homeostasis and regeneration. Development, 2019, 146(12),
應用
seqFISH是一種高靈敏的技術(shù)，可以準確的檢測出單細胞RNA-seq或免疫染色通常檢測不到的低拷貝數基因。此外，在RT-PCR和RNA的測序中，逆轉錄或PCR擴增往往會(huì )導致定量偏差。由于seqFISH可以應用于任何組織類(lèi)型而無(wú)需預先選擇基因，因此，其能夠不偏不倚地發(fā)現與某些生物現象相關(guān)的新基因。
● 不同的熒光原位標記方法：seq-FISH, MER-FISH, seqFISH+, HCR-FISH
● 蛋白質(zhì)組學(xué)和空間組學(xué)應用
● 識別新的細胞類(lèi)型
● 基因組組織成像
● 核架構圖成像
● 細胞軌跡分析
● 轉錄物和蛋白質(zhì)的亞細胞定位
● 配體-受體對分析
● 用于轉錄組和蛋白質(zhì)組成像的超過(guò)10,000個(gè)分子
● 細胞間通訊和信號研究
● 組織微環(huán)境對細胞狀態(tài)變化和發(fā)育軌跡的影響
● 復雜的多細胞生物系統分析
● 復雜生物現象的研究
● 測量單細胞在各自空間位置上的表型和基因組狀態(tài)
空間轉錄組學(xué)的原理
seqFISH 能夠精確地原位定量[1]的mRNA水平。SeqFISH 和 MERFISH 使用探針檢測單細胞空間轉錄組[1][2][3]。
首先，用一組熒光FISH探針和標記染料進(jìn)行原位雜化。然后，使用DNase去除熒光團，mRNA再次與相同的FISH探針雜化，但使用不同的標記染料。幾輪雜化和其他染料允許在單細胞[4]中對幾個(gè)基因進(jìn)行條形編碼。
SeqFISH+是改進(jìn)的SeqFISH技術(shù)，非常適合細胞的空間和生物過(guò)程研究。其將seqFISH與共聚焦顯微鏡相結合，產(chǎn)生超分辨率成像，并在單細胞[5]中多路復用10,000個(gè)基因。
多重誤差穩健熒光原位雜化（MERFISH）是對單分子熒光原位雜化（smFISH）的改進(jìn)。該方法大規模并行并同時(shí)在空間上識別數十萬(wàn)中RNA。此外，由于使用了一些未分配的二進(jìn)制條碼，該方法可以檢測錯誤，然后以錯誤魯棒性的方式進(jìn)行糾正。這是與seqFISH相比的主要區別，seqFISH以顏色序列編碼[6]。
微流控芯片技術(shù)平臺改進(jìn)了seqFISH和MERFISH方法，降低了成本和節省了實(shí)驗時(shí)間，同時(shí)提供了實(shí)驗流程的自動(dòng)化運行和實(shí)驗可再現性[7]。
[1] Shah, Sheel & Lubeck, Eric & Zhou, Wen & Cai, Long. (2016). In Situ Transcription Profiling of Single Cells Reveals Spatial Organization of Cells in the Mouse Hippocampus. Neuron. 92. 342-357.
[2] Raj A, van Oudenaarden A. Nature, nurture, or chance: stochastic gene expression and its consequences. Cell. 2008;135:216–226.
[3] Asp, M., Bergenstråhle, J., Lundeberg, J., Spatially Resolved Transcriptomes—Next Generation Tools for Tissue Exploration. BioEssays 2020, 42, 1900221.
[4] Lubeck, E., Coskun, A., Zhiyentayev, T. et al. Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Nat Methods 11, 360–361 (2014).
[5] Eng, CH.L., Lawson, M., Zhu, Q. et al. Transcriptome-scale super-resolved imaging in tissues by RNA seqFISH+. Nature 568, 235–239 (2019).
[6] Moffitt, J R, and X Zhuang. “RNA Imaging with Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization (MERFISH).” Methods in enzymology vol. 572 (2016): 1-49.
[7] Rodriguez-Mateos, P., Azevedo, N.F., Almeida, C. et al. FISH and chips: a review of microfluidic platforms for FISH analysis. Med Microbiol Immunol 209, 373–391 (2020).
空間轉錄組學(xué)的SEQFISH應用包的配置：
● OB1壓力流量控制器
● 流量傳感器MFS（獲得更好的實(shí)驗性能，可選用BFS流量計）
● 一個(gè)或兩個(gè)微流體分配閥MUX Distribution12
● 導管和魯爾接頭套裝
● 樣品儲液池，從1.5mL到100mL等
● 微流控芯片（可選，根據實(shí)驗要求而定）
● ESI自動(dòng)化控制軟件
● 使用手冊
